MSJCE adalah kerjasama di antara Malaysia dan Singapura mengenai pengurusan dan perlindungan alam sekitar.

MSJCE adalah platform yang berkesan untuk kedua-dua negara bagi membincangkan isu-isu mengenai alam sekitar di Selat Johor (SOJ).

• Pertukaran maklumat dan membincangkan perkara-perkara yang melibatkan persekitaran masing-masing di Selat Johor (SOJ).
• Kawalan pelepasan asap dari kenderaan.
• Pemantauan Bersama Kualiti Air di SOJ.
• Pemantauan Ekologi dan Morfologi di sekitar SOJ.
• Pelan Tindakan Kecemasan Bersama untuk Tumpahan Bahan Kimia di Malaysia-Singapore Second Crossing.
• Pelan Tindakan Kecemasan Bersama untuk Tumpahan Bahan Kimia di Selat Johor Timur.
• Kerjasama antara Malaysia dan Singapura dalam Pencegahan dan Kawalan Tumpahan Minyak di SOJ.
• Kerjasama dalam latihan/ pembangunan kapasiti antara Institut Alam Sekitar Malaysia (EiMAS) dan Singapore Environment Institute (SEI).